مقام معظم رهبری همواره با علمای دینی و مراجع عظام تقلید ارتباطی نزدیک و صمیمانه دارند. در این میان ایشان با مرحوم آیت اللّه بهجت فومنی (ره) روابطی عمیق داشتند.

تعدادی از علماء و همچنین فرزند مرحوم آیت اللّه بهجت (ره) با اطلاع از دیدار‌های متوالی این بزرگواران و گفتگو‌های صمیمانه ایشان به ذکر خاطراتی پرداختند. در ادامه بخشی از این سخنان را ذکر می‌کنیم:

آیت اللّه ری‌شهری در خصوص خاطره‌ای از دیدار رهبر انقلاب و مرحوم آیت اللّه بهجت (ره) گفتند: رهبر انقلاب در دوران تصدی‌گری مسئولیت ریاست جمهوری به دیدن آیت اللّه بهجت رفتند و سوال کردند، با توجه به شرایط کنونی مملکت چگونه با مسئولیت خطیری که مردم و امام (ره) بر دوش من گذاشت‌اند رفتار کنم؟ آیت اللّه العظمی بهجت ابتدا سرشان را پایین انداختند و سکوت کردند. بعد از آن سر بلند کردند و گفتند: الحمداللّه شما به مبنانی مستحضرید، اگر به آن می‌رسید، طبق موازین عمل کنید، من ملتزم هستم که شما را تنها نگذارم.

آیت‌اللّه مسعودی خمینی در خصوص ارتباط عمیق رهبر انقلاب و آیت اللّه بهجت (ره) گفتند: در جریان ساخت گنبدی که برای حضرت معصومه (س) ساخته شد، علماء به خدمت رهبر انقلاب رفتند و سوالی در مورد شکل ساخت گنبد پرسیدند. رهبر انقلاب در پاسخ به علما گفتند: آیت اللّه بهجت هرچه بگویند من چشم بسنه قبول می‌کنم.